Сония Блейд - лейтенант Специального Подразделения США. Её отряд занимался поиском и обезвреживанием криминальной группировки "Чёрный Дракон", главой которой являлся её заклятый враг - Кано. У неё с ним были личные счеты, так как Кано убил её напарника. Следы банды привели команду Сонии на неизвестный остров, координат которого не существует на картах. Отряд попал в засаду воинами Шанг Сунга. Сонию заставили принять участие в Турнире, пообещав, в случае победы, отпустить её людей. Шанг Сунг не сдержал своего обещания и вся команда Сонии была убита, а сама она, вместе с Кано, была похищена во Внешний Мир в качестве трофея Императора.

В заключении Внешнего Мира, ей удаётся отправить сигнал о помощи своему другу - майору Джексону Бригсу. Он отправляется к ней на помощь, встречая на пути Джонни Кейджа, Лью Канга и Кунг Лао. Все они были вовлечены в турнир-реванш, от исхода которого зависела судьба Земного Царства. Объединив свои силы, Земные воины одержали победу над Шао Каном и его приспешниками. Соние пришлось сотрудничать с Кано, чтобы выжить во Внешнем Мире, но вскоре Джакс освобождает их обоих, однако преступнику вновь удаётся избежать ареста и скрыться в глубинах Внешнего Мира.

Сония и Джакс возвращаются в Земное Царство и пытаются предупредить правительство об угрозе вторжения, но их признают невменяемыми. Император приводит свой план в действие и начинает захват Земного Царства. Души всех живущих людей Земного Мира были похищены, однако Лорду Рейдену удается спасти души нескольких избранных воинов Земли, в число которых входили и Сония Блейд с Джаксом. Император узнает о горстке выживших и посылает для их устранения свои карательные отряды. Среди них был и Кано, который заключил с Императором союз, будучи во Внешнем Мире. Для своего нового Господина предатель родного мира должен был убить Сонию Блейд.

Встреча была неизбежна. Они столкнулись с Кано на вершине небоскрёба. Поначалу Кано явно взял ход поединка в свои руки, но используя его безумие, Сония сразила Кано своим коронным захватом ногами в стойке на руках и сбросила с крыши здания. После того, как мир вернулся к своему нормальному состоянию, Сония и Джакс основали Агентство по Исследованию Внешнего Мира.

Сония преследовала Джерека - последнего выживающего члена Черного Дракона, который скрылся от неё в Царстве Эдениии. Она настигла преступника, но арест пришлось отложить - вырвавшийся из Нереальности Лорд Шиннок начинает войну против Старших богов. Новая угроза Земного Царства и Эдении сплотила заклятых врагов, заставив их сражаться на одной стороне, но когда падший бог был повержен и снова оказался в Нереальности, всё вернулось на круги своя.

Лейтенант Блейд и Джерек столкнулись на краю утёса, где Сония предложила сдаться преступнику, но он не собирался сдаваться в руки правосудия и напал на Сонию, в результате чего был скинут Джаксом, пришедшим Сонии на вырочку, с вершины ущелья. Последний Чёрный Дракон был уничтожен. Вскоре вместе с Джаксом они обнаруживают Сайракса - воина-киборга из клана Лин Куэй. Агенты С.С. привозят его на базу и с помощью своего оборудования возвращают киборгу душу и память. Так ряды Сонии были пополнены новым агентом.

Агент Сония Блейд и ее отряд, завершив миссию по уничтожению всех известных древних порталов между мирами, получает сообщение от Джакса о разрушении конструкции портала Агентства. Оставшись без средств для перехода между мирами, Сония пришла к мысли об оставшихся во Внешнем мире двух агентов. Первым был ниндзя-киборг Сайракс, с которым Агентство некоторое время назад потеряло связь. А теперь и агент Кенши, посланный на поиски Сайракса, пропал без вести. Соня должна была найти способ попасть во Внешний мир и вернуть их обратно. Вскоре Джакс сообщает ей, что база С.С. уничтожена неизвестным врагом. Большая часть её людей погибли.

Тем временем колдун Куан Чи сумел вырваться из Преисподней. Кудесник раскрыл секрет древнего Рунного Камня и с его помощью освободил великую армию давно забытого Короля Драконов. Позже он заключает союз с Шанг Сунгом, объединив силы с которым они убивают Императора Шао Кана и Лью Канга - единственных, кто представлял для них угрозу. Колдуны вернулись во Внешний Мир и использовали души падших воинов для возрождения непобедимой армии Короля Драконов. Если им удастся осуществить задуманное, Внешний мир падёт, а затем и Земное Царство постигнет та же участь. Они станут непобедимыми и уже ничто не сможет им помешать.

Сония и Джакс отправляются на остров в Затерянном Море, где бог Грома Рейден должен был их встретить. Десять лет назад на этом острове проходил ее первый турнир Смертельной Битвы. Теперь это был полуразрушенный памятник борьбе между Земным Царством и Внешним Миром. Пока она и другие избранные бойцы ждали появления Рейдена, Соня пришла к мысли об отсутствии какого либо плана атаки. Единственное, в чём Соня была уверена, что ей любыми способами нужно спасти своих пропавших агентов. Как учил кодекс Спецсил - никто не останется один без помощи.

От Кунг Лао она узнает, что её давний друг - Лью Канг - погиб от рук Смертельного Альянса. Тот, кто не раз спасал ей жизнь, был убит тем же колдуном, что 10 лет назад убил всю её группу захвата, когда они прибыли на этот остров. Она должна была это остановить любой ценой. Вскоре в море показалась маленькое судно из льда. Это был воин Лин Куэй, также получивший приглашение от Рейдена. Вместе с ним была девушка по имени Фрост, которую Саб-Зиро представил, как свою новую ученицу, которая сразу не понравилась Сонии. Фрост явно переоценивала свои возможности и вела себя довольно дерзко и самоуверенно, пытаясь произвести впечатление на других. Сония всегда славилась своим жёстким нравом и подобное поведение быстро вывело её из себя. Она решает поставить Фрост на место, что приводит к конфликту, а позже и к драке, в которой Сония явно превосходила по силе, но их разнимают Джонни Кейдж, Джакс и Кунг Лао. Интуиция никогда не подводила Сонию; она знала, что доверять Фрост нельзя и была права - ученица Лин Куэй поджидала удобного момента, чтобы убить Саб-Зиро и стать Грандмастером Лин Куэй.

Воины отправляются во Внешний Мир для сражения с колдунами. Сония узнает, что среди их союзников числится её самый главный враг, которого, как она думала, давно был мертв. Им был Кано. Но и мысли о новом враге - Мовадо, лидера Красных Драконов, который содействовал уничтожению базы С.С., также не отпускали её. Так и не успев найти Сайракса и Кенши, Сония, вместе с Джонни Кейджем, Кунг Лао и Джаксом погибают в бою с отрядами таркатанов.

Рейден в одиночку выступает против Куан Чи и Шанг Сунга, но тоже терпит поражение. Триумф Смертельного Альянса был недолгим - в тот же момент появляется бывший Император Внешнего Мира - Онага. Рейден устраивает взрыв, выпуская свою божественную сущность. Дворец Шанг Сунга был уничтожен вместе со всеми, но Онага не пострадал и завладел Магическим Амулетом Шиннока.

Сония Блейд, вместе с другими воинами Земного Царства и Принцессой Китаной, также убитой в сражении с колдунами, были возрождена Онагой. Затмив её разум, Король Драконов полностью подчинил её волю. Воин Ермак, заключивший союз с Кенши, побеждает их одним за другим, а дух Лью Канга освобождает их от влияния Онаги.

Вскоре Король Драконов был уничтожен.

Вернувшись в Земное Царство, Сония намеревается продолжить борьбу против Чёрных и Красных Драконов, но появляется более серьёзный враг. За время её отсутствия на Земле, Сектор создал огромный клан Текунин. С такой армией он мог подчинить себе весь мир. Киборг нарушает законы Земного Царства, заключая союз с силами Тьмы. Она настигает его с отрядами С.С. и посылает сигналы его кораблю, приказывая сдаться, но Сектор игнорирует её, что приводит к атаке. Корабль Текунин был уничтожен, но Сектору удалось сбежать. Позже она настигает Тейвина, который был в плену у киборга. Он также спасется от взрыва и следует в Арктику, где на него нападает огромный монстр.

Сония не могла допустит смерти Тейвина и расстреливает огромного монстра, а позже, отказавшись от слов благодарности, пытается арестовать эденийского воина. Она была уверенна в том, что он располагает информацией о Секторе и клане Текунин, невзирая на объяснения Тевина, в результате чего ему приходится принять бой с земной воительницей, которая уже дважды спасла его. Сожалея, Тейвин побеждает Сонию, дав ей уйти после боя.

Сония теряет связь с Джаксом, опасаясь, что он был захвачен Сектором, но вскоре сплоченные союзники вновь встречаются. Больше десяти лет они сражались бок-о-бок, не раз спасая друг друга в десятках битвах, защищая родной мир. Близилась их последняя битва, о которой Сонию предупреждает также старый добрый друг - Джонни Кейдж. Он рассказывает ей о Шинноке, которого они победили много лет назад. Кейдж собирал армию Света, к которой Сония и Джакс незамедлительно присоединяются. В этом сражении участвовали все её враги - Шанг Сунг, Сектор, Мовадо, Фрост, а главное - Кано.

Сония была готова к сражению, мечтая победить их всех и прекратить эту бесконечную войну. Армагеддон начался...